馬祖在南、北竿兩島各有一座機場，目前由立榮航空公司獨家經營，從台北松山機場起飛，抵達南、北竿機場約只需50分鐘，另外立榮航空也有往返台中與南竿的班次，航行時間約70分鐘。
如果因為天候關係遇到「北機南降」，下機後，可從南竿機場搭車到福澳碼頭，再搭乘每小時一班的南北竿交通船前往北竿白沙碼頭，航程約12分鐘。
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