前往馬祖，除了空中交通以外，可以從基隆搭乘臺馬之星或臺馬輪，是旅客的另一種選擇。 

由於需靠泊東引與南竿兩座碼頭，因此航班分為先開往南竿或先開往東引。如果是晚間開出的「先馬後東」航班，約次日早晨六點半抵達南竿福澳碼頭。若晚間開出的「東馬東台」航班，約次日上午九時左右抵達南竿福澳碼頭。東引與南竿之間，臺馬輪的航程約兩小時。